由材料第2段中“他想看一看大肠杆菌在把糖转变成脂肪酸衍生物方面是否存在理论上的限制，例如这种细菌是否有能力将常规植物转变为燃料……这个问题的答案是肯定的”，可知“这个问题”指代的是“例如’’后面的内容，如果指代“例如，，前面的内容，意思就变成“大肠杆菌在把糖转变成脂肪酸衍生物在理论上是受限制的”，这种结论就会与后文逻辑发生矛盾，是不合理的。因此，“这个问题’’指的是大肠杆菌能否将常规植物转变成燃料。故选C。