世界贸易组织争端解决程序与国内法院判决的关系如下：
(一)个人或法人无权因国内法院判决不公而直接向世贸组织争端解决机构提出裁决请求，世贸组织争端解决机构也无权直接对国内司法机构的裁决做出审查。
(二)世贸组织争端解决机构只对国内立法和政策进行审查，看国内的立法和政策是否和世贸组织的有关规则一致。根据中国入世议定书的有关规定，中国在人世后的8年过渡期内。每年都要接受世贸组织16个专门小组和总理事会的分别审查。中国法院的有关判决将作为审查中国的有关立法和政策执行的重要依据之一。
(三)在争端解决过程中，国内司法机关的判决也将成为审查国内立法和政策的事实依据，在许多案例中，争端解决机制中的专家小组往往核对国内法院的判决，以及判决中对法律的适用和理解，以此作为审查国内法的事实依据。