2009年5月14日，国务院正式下文《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》(以下简称《意见》)，标志着海西建设从区域战略上升为国家战略。国务院《意见》指出，“在现有海关特殊监管区域政策的基础上，进一步探索在福建沿海有条件的岛屿设立两岸合作的海关特殊监管区域，实行更加优惠的政策”，根据这一精神，福建省委、省政府在深入调研的基础上，于7月底召开的省委八届六次全会上正式作出了设立福州(平潭)综合实验区的决定，提出积极探索开展两岸区域合作，建立两岸更加紧密合作交流的区域平台，努力把平潭建设成为探索两岸合作新模式的示范区和海峡西岸经济区科学发展的先行区。