目前，我国明代官府档案（原件）主要收贮于第一历史档案馆，约五千件。
第一历史档案馆现存明朝档案包括兵部、礼部、内阁等机构的档案文件，其中兵部最多，约占全部名档案的95%以上。主要有反映和记载李自成领导的明末农民起义斗争情形的文件；反映清统治者对关内侵扰活动及明朝军队在边境与清军打仗情形的文件；有关官员升迁调补、奖惩纠参的文件等。
辽宁省档案馆收藏有少量的明档案，主要是明辽东都指挥使司及其所属各卫所的档案八百多卷，山东备倭署和明兵部档案二百多卷，多是嘉靖、万历时期的。
台湾故宫博物馆也收藏有一批明档，西藏自治区档案馆，某些省市自治区档案馆，以及一些单位和个人也收存有一些明代档案。